El Consejo de Rectoras y Rectores de las Universidades Chilenas es presidido por el ministro o ministra de Educación e integrado por las rectoras y rectores de 30 universidades. Además, cuenta con un comité ejecutivo, compuesto por ocho miembros del Consejo, y una Secretaría General, compuesta por un equipo técnico y de coordinación permanente. También son parte importante del CRUCH las comisiones, las cuales pueden ser permanentes o transitorias.